Знаменитый американский актер, продюсер, сценарист и режиссер родился в семье художника и парикмахера 22 ноября 1967 года в городе Кеноша, США. Окончив школу в Сан-Диего, Руффало учился в Лос-Анджелесе в Консерватории Стеллы Адлер. Проработав девять лет в театре, Марк начал сниматься в кино. Известность к нему пришла в 2000 году после роли в фильме «Можешь рассчитывать на меня».
Так же актер снялся в таких фильмах, как «Говорящие с ветром» (2002), «Тёмная сторона страсти» (2003), «Между небом и землёй» (2005), «Зодиак» (2007).
В фильме Мартина Скорсезе, Марк сыграл одну из главных ролей вместе с Леонардо Ди Каприо – Чака Ола, американского судебного пристава.